串串店连锁体系均包括总部一分店两个层次，或者总部一地区总部一分店三个层次。
- 1. 总部
串串店总部是为分店提供服务的单位。总部通过标准化、专业化、集中化的管理使分店作业单纯化、高效化。其基本职能主要有政策制定、店铺开发、商品管理、促销管理、店铺督导等。这些职能由不同的职能部门分别负责。
2 . 地区总部
地区总部又叫区域管理部。地区总部是串串店连锁总部为加强对某一区域市场连锁分店的组织管理，在该区域设立的二级组织机构。这样就使串串店总部的部分职能转移到地区总部的相应部门中去，总串串店部主要承担对计划的制订和监督执行，协调各地区总部同一职能活动，指导各地区总部的活动。地区总部实质上是总部派出的管理机构，不具备法人资格，仅有管理与执行功能，在大多数问题上决策仍由总部做出。
3 . 分店
串串分店是总部政策的执行单位，是连锁串串店直接向顾客提供商品及服务的单位。其基本职能是商品销售、进货及存货管理、绩效评估。商品销售是向顾客展示、供应商品并提供服务的活动，是分店的核心职能。进货是指向总部要货或自行向由总部统一规定的供货商要货的活动。存货管理包括对卖场存货（陈列在货架上的商品存量）和内仓存货的管理。绩效评估包括对影响经营业绩的各项因素的观察、调查与分析，也包括对各项经营指标完成情况的评估及改善业绩的对策。
连锁体系组织结构的选择
1 . 小型连锁经营组织
小型串串连锁经营门店数目不多、门店面积不大、经营商品较少、经营区域集中的连锁经营组织，即处于初创期的企业。总经理一人负责总部所有的业务，各分店经营直接对总经理负责。
直线型组织结构的优点是，由于承担责任的总经理往往就是连锁串串店的所有者，而且精通业务，承担着中央管理业务，所以决策快、控制及时，并且人员少、效率高；其缺点是组织分工较差，当门店不断增加、业务增多时就需要增加专业职能，于是就需要增加相应专业人员，如采购人员、会计人员。
2 . 中型连锁经营组织
中型串串店连锁经营组织在组织结构上一般分为两层：上层是总部管理整体事业的组织系统，下层是各门店。该组织结构中，部门按照职能设置，科室也基本按照职能划分，只有门店经营部按照营业区域设置分店，物流部按照商品类别设置采购室。如果连锁串串店是复合型的，除设置直营连锁门店外，还应设置相应的特许连锁门店、自由连锁门店等职能部门。科室的多少或是否设置取决于串串店的经营规模。如果连锁串串店规模较大时，可以在总经理和职能部门之间设置副总经理或总经理助理等岗位。在组织结构中，应当把相关程度高、交往频繁的部门归在同一上级协调的范围之内。
3 . 大型连锁经营组织
大型连锁经营组织的特点是门店数量多，地域分布广，甚至跨国经营，业务类型多元化。
连锁总部的部分职能转移到区域管理部的相应部门中去。总部主要承担对串串店政策和发展规划的制定、监督执行，协调各区域管理部同一职能活动。区域管理部在总部的指导下，负责本区域经营发展规划，处理本区域门店日常的经营管理问题。如果连锁经营组织发展为跨国经营，其组织结构也要相应变化。
